Periodo Colonial
En el decenio de 1540, se llevaron a cabo diversas actividades agrícolas en el país, abarcando desde la cría de ganado hasta la recolección a gran escala de zarzaparrilla durante un periodo. No obstante, la exportación de oro y plata se erigió como la empresa económica preeminente de Honduras en el siglo XVI.
La actividad minera otorgó tal relevancia a Gracias que, en 1543, se designó como la capital de la Audiencia de los Confines, establecida por Carlos I y que englobaba toda Centroamérica. Esta determinación generó animosidades en los centros más poblados de Guatemala y El Salvador. En 1549, la capital de la Audiencia se trasladó a Antigua, Guatemala, y Honduras quedó bajo la jurisdicción de la Capitanía General de Guatemala hasta 1552.
Durante este periodo, el clero secular asumió la gestión de las parroquias en los centros urbanos, mientras que el clero se ocupó de la evangelización y el adoctrinamiento de los indígenas, organizándolos en parroquias.
En este proceso, las culturas indígenas experimentaron un sincretismo al entrar en contacto con la cultura española, incorporando elementos de esta última y al mismo tiempo preservando aspectos del culto prehispánico. Como resultado, la conquista espiritual por parte de los conquistadores se considera incompleta.
La actividad minera en los alrededores de Tegucigalpa provocó que esta ciudad desafiara la hegemonía de Comayagua, dando lugar a una rivalidad que se intensificaría después de la independencia. Sin embargo, en términos generales, la Honduras colonial fue una provincia escasamente poblada de la Capitanía General de Guatemala, con la mayoría de su población dedicada a la agricultura y la ganadería para consumo propio. Hacia el final del periodo colonial, se convirtió en un proveedor significativo de alimentos y ganado para las regiones de El Salvador y Guatemala.
Para los gobernantes españoles de Honduras, la actividad de los ingleses en el norte del país constituyó uno de los principales problemas. Estas acciones se iniciaron en el siglo XVI y perduraron hasta el siglo XIX. En los primeros años, piratas europeos atacaron con frecuencia los poblados del Caribe hondureño.
En 1643, una expedición inglesa destruyó la ciudad de Trujillo, el puerto principal de Honduras. Además, los ingleses realizaron considerables esfuerzos para establecer colonias en las Islas de la Bahía y el norte de Honduras con la colaboración de los Sambos y los Misquitos, quienes atacaban los asentamientos españoles.
En 1752, se erigió el fuerte de San Fernando de Omoa. En 1780, los españoles regresaron a Trujillo, que se convirtió en una base operativa contra los asentamientos británicos hacia el este. A lo largo de la década de 1780, los españoles recobraron el control de las Islas de la Bahía y expulsaron a la mayoría de los británicos y sus aliados de la zona de Río Negro. La Convención anglo-española de 1786 estableció el reconocimiento definitivo de la soberanía española sobre la costa del Caribe.
Durante toda la época colonial, debido a su ubicación estratégica, Honduras sufrió ataques de corsarios y piratas británicos, franceses y holandeses. A finales del siglo XVII, los ingleses se establecieron en Río Tinto y reclamaron la costa septentrional de Centroamérica, la costa de los Mosquitos, que posteriormente cedieron a Nicaragua.
