Conflictos Internos y los Primeros Gobiernos
Bajo la leadership de Juan Nepomuceno Fernández Lindo, se brindó respaldo a la iniciativa propuesta por el sacerdote José Trinidad Reyes para establecer la academia literaria de Tegucigalpa, que más tarde evolucionaría hacia la Universidad Nacional. Además, se intentó restaurar el proyecto unitario al suscribir la Dieta nacional en Nacaome con El Salvador y Nicaragua. Durante su mandato, José Trinidad Cabañas, un leal seguidor de Morazán, se vio obligado a enfrentar las fuerzas de Rafael Carrera.
En ese periodo, se llevó a cabo un nuevo intento de unificación centroamericana, y se iniciaron conversaciones para construir un ferrocarril interoceánico que conectaría el Mar Caribe con el Golfo de Fonseca. En 1853, se firmó un contrato con el empresario estadounidense Ephraim G. Squier, quien había atraído inversores de su país al proyecto. Sin embargo, el colapso del proyecto ocurrió al no lograr atraer inversiones europeas.
José Santos Guardiola, durante su mandato como jefe de estado, envió tropas nacionales para hacer frente a William Walker, quien, a petición de los liberales de Nicaragua, se había autoproclamado presidente después de desembarcar en 1855 con soldados de fortuna de su país. En 1860, Walker fue capturado por navíos ingleses, entregado a las autoridades hondureñas, juzgado culpable y fusilado.
El 28 de noviembre de 1859, se firmó el tratado Lenoox Wyke-Cruz, donde Gran Bretaña reconoció las islas de Roatán, Guanaja, Elena, Utila, Barbareta y Morat como parte de la República de Honduras, a cambio de que Honduras respetara la libertad de creencias y culto religioso.
Durante el mandato del general José María Medina, se promulgaron leyes que reemplazaron la legislación colonial vigente. La Constitución de 1865 sustituyó a la de 1848, considerando a Honduras no como un estado temporalmente separado de la Federación, sino como una república.
La Constitución Nacional de 1880 estableció la separación de la iglesia y el estado, garantizando la libertad de pensamiento, sufragio, igualdad política y civil, voto directo y obligatorio, y el reconocimiento de garantías individuales.
Bajo la administración de Marco Aurelio Soto, se inició la construcción de una red telegráfica en el país. En 1880, la capital se trasladó definitivamente de Comayagua a Tegucigalpa, consolidando la supremacía de esta última sobre las demás ciudades. Ese mismo año se fundó la Biblioteca Nacional y se construyó el Hospital General.
En el gobierno de Luis Bográn, se continuó la política de apoyo a la minería y se otorgaron concesiones en el norte del país, que ya exportaba banano. Sin embargo, la paz temporal lograda fue interrumpida en 1891 cuando el candidato derrotado, Policarpo Bonilla, buscó ayuda en el presidente liberal de Nicaragua, José Santos Zelaya, cuyas tropas fueron cruciales para que los liberales hondureños, liderados por Bonilla, alcanzaran la presidencia provisional en 1849 y la constitucional en 1895 a 1899.
En 1933, Tiburcio Carías Andino, fundador del Partido Nacional, asumió la presidencia y realizó reformas constitucionales que establecieron una dictadura hasta 1948, poniendo fin al desorden político en Honduras. Tras su destitución, la élite militar, dueña de la tierra, dominó el país y resistió la modernización de las estructuras políticas, sociales y económicas, alineándose con los intereses estadounidenses.
En 1957, el liberal Ramón Villeda y Morales fue elegido presidente constitucional. Durante su mandato, Honduras se unió al Mercado Común Centroamericano y se implementaron programas de reforma agraria y expansión educativa. Sin embargo, su política generó desconfianza en la oligarquía hondureña, que apoyó un golpe de Estado en 1963 dirigido por el coronel Osvaldo López Arellano, derrocando al liberal Villeda.
